根据《财政部 海关总署 税务总局关于在粤港澳大湾区实行有关增值税政策的通知》(财税〔2020〕48号)第二条规定，自2020年10月1日起，对符合条件的出口企业从启运地口岸(以下称启运港，见附件)启运报关出口，由符合条件的运输企业承运，从水路转关直航，自广州南沙保税港区、深圳前海保税港区(以下称离境港)离境的集装箱货物，实行启运港退税政策。
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(三)办理流程。
1.启运地海关依出口企业申请，对从启运港启运的符合条件的货物办理放行手续后，生成启运港出口货物报关单电子信息。
2.海关总署按日将启运港出口货物报关单电子信息(加启运港退税标识)通过电子口岸传输给税务总局。
3.出口企业凭启运港出口货物报关单电子信息及相关材料到主管退税的税务机关申请办理退税。出口企业首次申请办理退税前，应向主管出口退税的税务机关进行启运港退税备案。
4.主管出口退税的税务机关，根据企业出口退(免)税分类管理类别信息、税务总局清分的企业海关信用等级信息和启运港出口货物报关单信息，为出口企业办理退税。出口企业在申请退税时，上述信息显示其不符合启运港退税条件的，主管税务机关根据税务总局清分的结关核销的报关单数据(加启运港退税标识)办理退税。
5.启运港启运的出口货物自离境港实际离境后，海关总署按日将正常结关核销的报关单数据(加启运港退税标识)传送给税务总局，税务总局按日将已退税的报关单数据(加启运港退税标识)反馈海关总署。
6.货物如未运抵离境港不再出口，启运地海关应撤销出口货物报关单，并由海关总署向税务总局提供相关电子数据。上述不再出口货物如已办理出口退税手续，出口企业应补缴税款，并向启运地海关提供税务机关出具的货物已补税证明。
对已办理出口退税手续但自启运日起超过2个月仍未办理结关核销手续的货物，除因不可抗力或属于上述第6项情形且出口企业已补缴税款外，视为未实际出口，税务机关应追缴已退税款，不再适用启运港退税政策。
7.主管出口退税的税务机关，根据税务总局清分的正常结关核销的报关单数据，核销或调整已退税额。
